El servicio de Ómicas y Análisis Génico del Instituto de Neurociencias (IN) es una plataforma de análisis Genómico y Transcriptómico que brinda servicios y capacitación tanto a usuarios del IN como a usuarios externos. Nuestra instalación incluye un conjunto de equipos de última generación que permite realizar una gran variedad de técnicas que incluyen clasificación de células (poblaciones y células individuales), plataforma de células individuales, QPCR, control de calidad de ADN y ARN, construcción de bibliotecas, análisis de ADN, sonicación, plataforma bioinformática para análisis y almacenamiento de datos. Se pueden analizar aspectos genómicos y transcriptómicos de células fijadas, tejidos vivos desagregados, cultivos celulares y orgánulos celulares.

El servicio también cuenta con estaciones de trabajo de alto rendimiento y paquetes de software para el análisis de datos.

omicsLab Countless
omicsLab SingleCellg
omicsLab Rack
omicsLab Mastercyclerg
omicsLab Diagenode
omicsLab FlowCabinet
omicsLab Bioanalyser

Servicios ofrecidos:

  • Asistencia técnica para el uso de todos los dispositivos y equipos provistos en la instalación.
  • Coaching/entrenamiento para el diseño experimental.
  • Asistencia en el procesamiento y análisis de datos utilizando el software proporcionado por la instalación y disponible gratuitamente.
  • Orientación en el desarrollo de protocolos unicelulares.
  • Mantenimiento de equipos y dispositivos.
  • Organización de talleres y exposiciones relacionadas con temas ómicas, así como nuevas tecnologías.
  • Participación en actividades de divulgación.

Solicitudes de instalaciones:

Las comunicaciones generales, dudas, consultas de citas y solicitudes de formación se realizarán preferentemente a través del correo electrónico: omics@umh.es

(texto en English)

FACS (Fluorescence activated cell sorter)

BD FACS Aria III

FACS Aria III has four laser lines (Near Violet 375nm; Blue 488nm; Yellow/Green 561nm and Red 633nm) which allows covering the entire electromagnetic spectrum for applications of both endogenous fluorescence (fluorescent proteins such as gfp, cherry, tomato …), as well as antibodies conjugated to fluorophores. The fluidics and optical systems are precisely integrated to maximize signal detection. It is also equipped with a temperature control system between 4 and 37 degrees Celsius for both the sample and the cell collection tube.

BD FACS Melody

BD FACSMelody is a last generation cell sorter which allows cell purification of both cell populations and single cell. It is equipped with three laser lines (Violet 405nm; Blue 488nm and Yellow /Green 561nm) for applications of both endogenous fluorescence (fluorescent proteins such as gfp, cherry, tomato …), as well as antibodies conjugated to fluorophores. It is also equipped with a temperature control system between 4 and 37 degrees Celsius for both the sample and the cell collection tube.

Single cell applications

Chromium controller 10X Genomics

It combines large partition numbers with a massively diverse barcode library to generate >100,000 barcode-containing partitions in a matter of minutes and allows a user to run any Chromium Solution, from genome to single cell analysis (Single cell gene expression, Single cell ATAC…). It allows working with different types of samples that range from high molecular weight (HMW) DNA, individual cells, cells labeled using Feature Barcoding technology, nuclei, nuclei treated with transposase, or cell Beads.

PCR

Eppendorf Mastercycler Pro S

The Mastercycler® pro S offers ultimate flexibility for your PCR applications. Equipped with a silver block, operate in various configurations, and use any plate, tube, or strip you want. All formats come with gradient SteadySlope® technology to ensure heating and cooling ramp rates remain consistent. With the vapo.protect technology, evaporation is kept to a minimum.

QPCR

Applied Biosystems QuantStudio 3

Applied Biosystems QuantStudio 3 Real-Time PCR System is a simple and affordable real-time PCR solution designed for users with all levels of experience. Get connected to your data easier than before with a real-time PCR systems that offers an interactive touch screen and the option to choose Web browser-based software enabled through the Thermo Fisher Cloud. It offers improved data accuracy and sensitivity for a broad range of applications, such as analyses of gene expression, microRNAs and noncoding RNAs, SNP genotyping, copy number variation, mutation detection….

DNA and RNA Quantification and Quality control

Agilent 2100 Bioanalizer

The 2100 Bioanalyzer system is an established automated electrophoresis tool for the sample quality control of biomolecules. It provides highly precise analytical evaluation of various samples types in many workflows, including next generation sequencing (NGS), gene expression, biopharmaceutical, and gene editing research, and delivers objective assessment of sizing, quantitation, integrity and purity from DNA, RNA, and proteins. Minimal sample volumes are required for an accurate result, and the data may be exported in a many different formats for ease-of-use.

Sonication

Diagenode Bioruptor pico

The Bioruptor® Pico is the latest innovation in shearing and represents a new breakthrough as an all-in-one shearing system optimized for shearing micro-volumes of 5 μl to larger volumes of up to 2 ml. The built-in cooling system (Bioruptor® Cooler) ensures high precision temperature control resulting in higher quality samples. Ideal for DNA shearing for Next-Generation-Sequencing (5 – 100 µl), Chromatin shearing (10 µl – 2 ml), RNA shearing, Protein extraction from tissues and cells, FFPE DNA extraction and Protein aggregation studies.

Cell count

Invitrogen Countess II FL Automated Cell Counter

Countess II FL Automated Cell Counter is a benchtop assay platform equipped with state-of-the-art optics, full autofocus, and image analysis software for rapid assessment of cells in suspension. With three-channel flexibility—brightfield, researchers can count cells, evaluate apoptosis, and measure cell viability.

Biological safety Cabinet

MSC-Advantage class II Biological Safety Cabinet

It allows working in an environment free of biological contamination for the preparation of delicate samples such as RNA, cDNA libraries….

Computing platform

Computing platform


The computing platform provides researchers at Instituto de Neurociencias and external organizations with high-performance computing resources for next-generation sequencing (NGS) data processing and analysis.

Server main features and configuration:

  • CPU: 4 Cores Intel(R) Xeon(R) CPU E7-8870 v4 @ 2.10GHz -> 80 cores with HyperThreading [160 Threads] with 200MB cache storage L3.
  • RAM: 2TB 2400MHz -> Registered 1600MHz.
  • SSD: 4TB in parity RAID5 (4 SSD x 1TB each).

Dedicated NAS:

  • HDD: 22.6TB available (8 6TB HDD configured in parity RAID 6 plus 1 hot spare disk).
  • CPU AMD GX-420MC SOC @ 2.0 GHz -> 4 cores, [4 Threads].
  • RAM: 4GB.

Consideraciones operativas generales del servicio de Ómicas y Análisis Génico:

  1. Las comunicaciones generales, dudas, consultas de citas y solicitudes de formación se establecerán preferentemente por correo electrónico a: omics@umh.es
  2. El Investigador Principal es el responsable último del uso correcto del equipo de la Instalación por parte de cualquier miembro de su equipo.
  3. El usuario deberá leer y conocer las instrucciones básicas para el correcto uso de cada equipo que manipule, así como las normas aplicables en cada caso.
  4. Es obligatorio que los nuevos usuarios reciban la formación correspondiente por parte del personal de la Instalación antes de utilizar cualquier equipo. Además, durante la primera sesión deben ser supervisados ​​por personal de la Instalación o por un usuario experimentado.
  5. La reserva de microscopios y estaciones de trabajo se realizará siempre a través de la página web: reserva de equipos intranet.
  6. No es posible la cancelación de una sesión reservada el mismo día en que se utilizará el equipo. No obstante, se podrá enviar un correo electrónico a omics@umh.es, para poder hacer uso de la plaza. La cancelación de reservas antes de un día se puede realizar a través de la página web.
  7. Está prohibido navegar por Internet, instalar/eliminar software o utilizar dispositivos de almacenamiento externo en los ordenadores del servicio.
  8. Cualquier usuario que reserve un turno es responsable del equipo durante ese tiempo.
  9. El área de trabajo debe mantenerse limpia, particularmente después de finalizar la sesión.
  10. Si tiene dudas sobre el uso de algún equipo, por simple que parezca, pida ayuda al personal sin dudarlo.
omicsbooked

La reserva, excepto para Invitrogen Countess II FL y MSC-Advantage Class II Biological Safety Cabinet, debe realizarse via intranet:
Acceso

Las reservas para los equipos Invitrogen Countess II FL y MSC-Advantage Class II Biological Safety Cabinet deben solicitarse al personal del servicio: omics@umh.es

(texto en English)

Table 1. Price list (€)

Services   CSIC/UMH   Universidades OPI’s Entidades privadas
Citometría y Sorting

FacsAriaIII sorter

127,5 €/hora 153,75 €/hora 218,75 €/hora

FacsMelody sorter

127,5 €/hora 153,75 €/hora 218,75 €/hora
Genómica de célula única

Librería scRNA-seq

200 €/librería 280 €/librería 360 €/librería

Librería scATAC-seq

150 €/librería 210 €/librería 270 €/librería

L. Multiomics scATAC-RNA-seq

250 €/librería 310 €/librería 370 €/librería
Control de calidad (QC) Bioanalyzer 2100 Agilent

DNA high sensitivity run

60 €/chip 75 €/chip 120 €/chip

RNA Pico chip run

45 €/chip 60 €/chip 100 €/chip

Library Quality control

60 €/chip 75 €/chip 120 €/chip
Real Time PCR (QuantStudio 3 Applied biosystems)

Acceso a QuantStudio 3

6,99 €/hora 10 €/hora 20 €/hora

 

 

La instalación de Omicas está ubicada en la planta baja, esquina sureste del IN y está organizada de la siguiente manera:

  • Sala 012 : Servicio Omicas
  • Sala 010 : Análisis Computacional

omicas loc
Director científico del servicio: José Pascual López-Atalaya Martínez jose.lopez@umh.es » +34 965 23 37 44
Responsable técnico de la instalación: Antonio Javier Caler Escribano acaler@umh.es » +34 965 91 92 18
Técnico: Jose Mulet Soler jmulet@umh.es » +34 965 91 93 69

Las comunicaciones generales, consultas, consultas de citas y solicitudes de formación se establecerán preferentemente por correo electrónico a: omics@umh.es (Servicio de Omicas) o bioinformatics@umh.es (Análisis Computacional).

Ómicas y Análisis Génico
Instituto de Neurociencias
Universidad Miguel Hernández – CSIC
Campus de San Juan
Sant Joan d’Alacant
Alicante | España

Tel. + 34 965 23 37 00
(ext. servicio 9218)