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El Servicio de Microscopía del Instituto de Neurociencias es una plataforma de microscopía y análisis de imagen a disposición de los usuarios internos del centro que también ofrece servicio externo. Dispone de un conjunto de equipos de última generación para la realización de una gran variedad de técnicas como son la microscopía confocal, multifotón, light sheet (in vivo y clarificado) y súper-resolución (Airyscan, SR-SIM, PALM/dSTORM). En nuestros equipos se pueden adquirir imágenes y videos tanto de muestras fijadas como de tejido vivo, incluyendo cultivos celulares, rodajas e incluso animales intactos. Además, cuenta con estaciones de trabajo de alto rendimiento y software científico para el procesamiento y análisis de imagen.
Oferta tecnológica del servicio de microscopía
Listado de servicios ofertados
- Formación y asistencia técnica para la realización de experimentos de microscopía en todos los equipos disponibles en el servicio.
- Asesoramiento en el diseño experimental.
- Formación y asistencia en el análisis y procesamiento de imagen con programas del servicio y software libre.
- Elaboración de manuales y asistencia en la redacción de materiales y métodos para publicaciones.
- Mantenimiento y mejora de los equipos y de toda la infraestructura de la unidad.
- Organización de workshops y demostraciones de nuevas tecnologías relacionadas con adquisición, procesamiento y análisis de imagen.
- Asesoramiento en la adquisición de equipamiento.
- Redacción de memorias justificativas para convocatorias de equipamiento científico-técnico nuevo y actualización del existente.
- Elaboración de documentación para la adquisición de nuevo equipamiento para el Servicio de Microscopía.
- Participación en actividades de divulgación.
Solicitud de formación
Rellenar el siguiente formulario para realizar una petición de formación al Servicio de Microscopía:
Solicitud de Formación
Solicitud Servicio Técnico Leica
Rellene el siguiente formulario para realizar una petición de Servicio Técnico de Leica:
Solicitud de servicio tecnico leica
Solicitud Servicio
Las consultas, comunicaciones y petición de citas se realizarán por correo electrónico a microscopia@umh.es
Consultar el documento «Directrices y Equipos del Servico de Microscopía» que se encuentra en el apartado ARCHIVOS para una descripción más completa de los equipos.
Microscopios multifotón (Lab 020)
Microscopio multifotón Leica SP2 invertido con sistema de incubación, controlador de temperatura y CO2. Dispone de láser infrarrojo MaiTaiHP DeepSee sintonizable de 690nm a 1040nm para adquisición en multifotón, así como láser argón multilínea (458, 476, 488, 496 y 515nm) para adquisición en modo confocal. Está equipado con una amplia variedad de objetivos de diferentes magnificaciones, medios de inmersión y distancias de trabajo.
Microscopio multifotón Leica SP5 vertical, con equipamiento necesario para experimentos de imagen in vivo e in vitro combinados con registros electrofisiológicos. Dispone de láser infrarrojo MaiTaiHP DeepSee sintonizable de 690nm a 1040nm y detectores híbridos externos de alta sensibilidad para adquisición en multifotón. Con láser argón multilínea (458, 476, 488, 496 y 515nm), diodo 561nm y láser 633nm para adquisición en modo confocal. Los objetivos más utilizados son 5x seco, 25x y 63x de inmersión en agua y larga distancia de trabajo.
Microscopios confocales (Lab 019 y 021)
Microscopio confocal vertical Leica SPEII, Con platina motorizada para la adquisición de imágenes en mosaico y multiposición. Está equipado con cuatro láseres (405nm, 488nm, 561nm y 635nm) y cuatro objetivos (10x seco y 20x, 40x y 63x de aceite).
Microscopio confocal invertido Olympus FV1200, con platina motorizada XY que permite llevar a cabo experimentos de imagen en varios campos y creación de mosaicos. Está dotado de láser violeta (405nm), argón multi-línea (473, 488 y 515nm), láser 559nm y láser 635nm. Dispone de objetivos de 10x y 20x secos además de 20x, 40x y 60x de aceite.
Microscopio Confocal Superresolución invertido Zeiss LSM 880-Airyscan Elyra PS.1 ,con controlador de temperatura y CO2 para la realización de experimentos de imagen multidimensional con tejido biológico fijado o vivo. Permite adquirir imágenes tanto en modo confocal como en superresolución Airyscan (140nm), iluminación estructurada SIM(100 nm) y PALM/dSTORM(20-30nm).Está equipado con dos juegos de láseres:para microscopía confocal (405, 458, 488, 514, 561 y 634nm) y súper-resolución (405, 488, 561 y 640nm).Objetivos:10x seco, 25x de multi-inmersión, 40x agua, 63x agua, 63x aceite y 100x aceite.
Confocal Spinning Disk Dragonfly: Microscopio confocal spinning disk para la captura en tiempo real de procesos dinámicos. Consta de sistema de incubación, platina motorizada, dos cámaras Andor Zyla 4.2 para adquisiciones duales simultáneas y cuatro líneas láser (405, 488, 561 y 637nm). Objetivos: 10x y 20x secos, 20x multiinmersión (aceite, glicerina y agua), 25x LWD de inmersión en agua, así como 40x y 60x de aceite.
Microscopios light sheet
Microscopio light sheet UltramicroscopeII LaVisionBiotec, para muestras clarificadas. Tiene láseres para las líneas 488nm, 561nm y 635nm. El objetivo de adquisición es de 2x con zoom de 0.63x a 6.3x, ofreciendo magnificación dinámica desde 1.26x a 12.6x.
Microscopio LightsheetZ.1 Zeiss, para muestras vivas semitransparentes que permite adquisición de imágenes con rotación de 360º. Está equipado con los láseres 405nm, 488nm, 561nm y 635nm. Dispone de tres objetivos: un 5x seco y dos objetivos de inmersión en agua (10x y 20x).
Microscopios widefield
Microscopio invertido widefield completamente motorizado, para la captura de imágenes con seccionamiento óptico mediante Computational Clearing en muestras fijadas o vivas. Iluminación LED con 8 líneas de excitación desde UV a rojo lejano. Objetivos secos 5x/0.12, 10x/0.32 y 20x/0.80, y de aceite 40x/1.30 y 63x/1.40.
Completamente automatizado para muestras fluorescentes o de campo claro, con capacidad de hasta 100 portaobjetos. Iluminación LED con 7 líneas de excitación desde el UV al rojo lejano. Objetivos secos de 5x/0.25, 10x/0.45, 20x/0.8 y 40x/0.95.
Sistema Neurolucida , para la reconstrucción y análisis de tejido de cerebro y neuronas. Se basa en un microscopio de fluorescencia y campo claro Leica DM4000. Está equipado con filtros de fluorescencia para DAPI, GFP, Cy3 y Cy5. Tiene objetivos secos de 2.5x, 10x, 20x y 40x, así como un objetivo de inmersión en aceite de 63x. La detección puede ser a través de una cámara de color (MBF CX9000) o una cámara monocroma (QImaging).
Microscopio vertical Leica DM5000B , de fluorescencia y campo claro, para la visualización de muestras fijadas. Está equipado con filtros de fluorescencia para DAPI, GFP y Cy3. Tiene objetivos secos de 2.5x, 5x, 10x, 20x y 40x
Lupa de fluorescencia Leica MZFLIII
Lupa de fluorescencia Leica MZFLIII (Lab 021)
Estaciones de trabajo
Estación de procesamiento de alto rendimiento HIVE
Se trata de una estación de trabajo centralizada de gama alta para el procesamiento de imágenes y la computación de alto rendimiento/GPU, óptima para aplicaciones exigentes y configuraciones multiusuario. Contiene los programas ZEISS arivis Pro, Huygens Professional, FIJI, QuPath, Zen Blue (Zeiss) y Las X (Leica).
Workstation Superresolución
Zen: https://www.zeiss.com/microscopy/int/products/microscope-software/zen.html
Incluye: ZEN Black, ZEN Blue, Huygens Professional, Leica LAS X Core Widefield, Imaris Viewer y ImageJ/Fiji.
Workstation Lightsheet Incluye: ZEN Black, ZEN Blue 3.3 Lite, Leica LAS X Core Widefield, Imaris Viewer , ImageJ/Fiji y Huygens Professional.
Estación Imaris I
Incluye: Imaris, AutoQuant X3, Huygens Professional, ImageJ/Fiji, Olympus FV10-ASW Viewer, Leica LAS X Core, ZEN Blue 3.3 Lite de Zeiss y Terrastitcher ImspectorPro de LaVisionBiotec.
Estación Imaris II
Incluye: Imaris, Imaris Stitcher, ImageJ/Fiji 64 bit, Olympus FV10-ASW Viewer, Leica LAS X Core, ZEN Blue 3.3 Lite de Zeiss, ClearMap y Huygens Core HRM.
Estación de trabajo
ImageJ/Fiji, Neurolúcida Explorer, Olympus FV10ASW Viewer, ZEN Blue 3.3 Lite y Leica LAS X Core.
Servidor NAS
Servidor NAS: Para almacenamiento temporal de archivos generados en los equipos que requieran un procesamiento posterior con software científico del Servicio de Microscopía.
Normas generales de uso
El documento completo «Directrices y Equipos del Servicio de Microscopía» se encuentra en el apartado ARCHIVOS del menú lateral izquierdo.
1. Todas las comunicaciones, consultas y petición de citas se realizarán por correo electrónico a: microscopia@umh.es
2. El investigador principal es el responsable del uso que el personal a su cargo haga de los equipos del Servicio de Microscopía, así como del cumplimiento de las normas establecidas a tal efecto.
3. Tendrán la condición de usuario del servicio todo el personal de investigación con afiliación al IN y aquellos investigadores visitantes que vayan a realizar estancias en el IN superiores a 6 meses (con excepción de aquellos que puedan acreditar que son expertos en técnicas de microscopía).
4. Los estudiantes de máster o grado podrán utilizar los equipos sólo bajo la compañía de un supervisor.
5. Es obligación de cada usuario conocer las normas de funcionamiento del Servicio de Microscopía, así como las instrucciones específicas del manejo de cada equipo que utilice. Éstas se encuentran recogidas en el presente documento.
6. Es imprescindible que los nuevos usuarios reciban una formación con el personal del servicio antes de usar cualquier equipo. Además, durante las primeras sesiones deberán estar acompañados por el personal del servicio o usuarios experimentados.
7. Las solicitudes de formación se realizarán a través del formulario disponible en el apartado “Servicios” de la web del Servicio de Microscopía. Para llevar a cabo la formación solicitada, el nuevo usuario debe:
-Disponer de sus propias muestras y de suficiente conocimiento específico sobre ellas.
-Saber qué preguntas específicas quiere resolver con el equipamiento del Servicio de Microscopía.
-Utilizar los equipos de forma inminente.
8. El titular de la reserva es el responsable del estado del equipo durante ese periodo.
9. El último usuario reservado en el día es el responsable de que el microscopio y todos sus componentes queden apagados.
10. El área de trabajo debe permanecer siempre limpia, especialmente al finalizar cada sesión.
11. Si no está seguro de realizar alguna tarea, sin importar lo sencilla que pueda parecer, solicite ayuda al personal del servicio.
12. Está estrictamente prohibido navegar por internet, realizar cambios de software y usar dispositivos de memoria externos en todos los ordenadores del servicio.
13. Está prohibido almacenar datos en los ordenadores del servicio. Los usuarios son los responsables de transferir sus imágenes una vez adquiridas o procesadas, así como de eliminar las mismas de su carpeta de usuario. En todos los equipos del Servicio de Microscopía hay programada una instrucción de borrado automático de archivos. Aquellos archivos con una antigüedad superior a 30 días desde su adquisición, serán eliminados del ordenador y no podrán ser restaurados.
14. Los usuarios del Servicio de Microscopía deben solicitar su inclusión en la lista de distribución in.microscopia@listas.umh.es a través de la web: https://listas.umh.es/sympa/info/in.microscopia. Por medio de esta lista se realizarán todas las comunicaciones referentes al funcionamiento del servicio.
15. Las reservas de los equipos se realizarán siempre a través del sistema de reserva de salas de la página web: http://in.umh-csic.es/ > Acceso usuarios > Reservas. Todos los recursos ofertados por el Servicio empiezan con las letras “SM”.
16. Los usuarios están obligados a comenzar y finalizar su reserva de manera puntual para no interferir en el trabajo del resto de compañeros.
17. Las reservas no utilizadas durante los primeros 10 minutos se considerarán desiertas.
18. Aunque el sistema de reservas implementado permite hacer cancelaciones de turnos reservados en cualquier momento, las cancelaciones en el día no están permitidas y serán penalizadas en caso de no estar debidamente justificadas de la siguiente manera:
– Los usuarios que cancelen un turno reservado vía telemática en el día en curso, serán penalizados con dos semanas sin acceso a los equipos del servicio.
– Los usuarios que no utilicen ni liberen un turno reservado vía telemática, no podrán hacer uso de los equipos del servicio durante las siguientes cuatro semanas.
– En caso de reincidencia por parte del usuario, se prohibirá el uso del Servicio durante tres meses.
Las reservas de todos los equipos del servicio se realizarán a través de la intranet del Instituto de Neurociencias.
Tarifas
El Servicio de Microscopía es gratuito para los miembros del Instituto de Neurociencias. Si no perteneces a nuestro centro pero te gustaría colaborar con alguno de nuestros equipos de investigación para usar nuestra tecnología y conocimiento en alguno de tus proyectos, por favor contacta con nosotras a través del correo microscopia@umh.es
Para consultar nuestras tarifas para usuarios externos, por favor acceda a los siguientes enlaces del Servicio de Apoyo Técnico a la Docencia y a la Investigación (Satdi) de la UMH:
«Microscopía fluorescente y Confocal»:
https://satdi.umh.es/instrumentacioncientifica/servicios_ofertados/microscopia-confocal/
Cómo utilizar el servicio Satdi:
https://satdi.umh.es/instrumentacioncientifica/
Cómo hacer una solicitud de uso de servicio:
https://satdi.umh.es/instrumentacioncientifica/formularios/formulario-peticion/
Ubicación
El servicio de Microscopía está situado en la zona sur de la planta baja del IN. Consta de las siguientes salas:
Sala 018
- Despacho 1: Giovanna Expósito
- Despacho 2: Almudena Íñigo
- Estación Imaris I
- Estación Imaris II
- Estación de trabajo
Sala 019
- Microscopio invertido Leica Thunder Imager
- Escáner de portaobjetos Zeiss Axioscan 7
Sala 020
- Microscopio multifotón Leica SP5 vertical
- Microscopio multifotón Leica SP2 invertido
- Microscopio lightsheet UltramicroscopeII LaVisionBiotec
Sala 021
- Microscopio confocal vertical Leica SPEII
- Microscopio confocal invertido Olympus FV1200
- Microscopio Confocal Superresolución invertido Zeiss LSM 880-Airyscan Elyra PS.1
- Workstation Superresolución
- Microscopio LightsheetZ.1 Zeiss
- Workstation Lightsheet in vivo
- Sistema Neurolucida
- Lupa de fluorescencia Leica MZFLIII
- Microscopio vertical Leica DM5000B
- Microscopio confocal spinning disk Dragonfly
Software con licencia en el servicio:
- Imaris (Bitplane): software para visualización, procesamiento, análisis y exportación de imágenes multicanal en 2D, 3D y 4D. http://www.bitplane.com/
- Zeiss arivis Pro: software para visualización, procesamiento, análisis y exportación de imágenes multicanal en 2D, 3D y 4D. https://www.arivis.com/products/pro
- Neurolucida: http://www.mbfbioscience.com/neurolucida
- Strereo Investigator: https://www.mbfbioscience.com/stereo-investigator
- Huygens Profesional: https://svi.nl/Huygens-Software
- AutoQuant X3: software de deconvolución.http://www.mediacy.com/autoquantx
Software libre para visualización y análisis de imagen:
- ImageJ: programa gratuito para el procesamiento y análisis de imágenes multidimensionales.https://imagej.nih.gov/ij/
- Fiji: es el mismo software que ImageJ, pero incluye un paquete de procesamiento muy completo para el análisis de imagen científica.https://imagej.net/Fiji
- ClearMap: software libre creado para el análisis de imagen de muestras de iDISCO+. Permite la detección de objetos en 3D y localización en núcleos cerebrales.https://idisco.info/clearmap-2/
- Zeiss: https://www.zeiss.com/microscopy/int/products/microscope-software/zen-lite.html
- Leica: https://www.leica-microsystems.com/products/microscope-software/p/leica-las-x-ls/downloads/
Tutoriales:
- Imaris: http://www.bitplane.com/learning
- Zeiss arivis Pro: https://kb.arivis.com/arivis-vision4d-video-tutorials-compendium
- ImageJ/Fiji: http://imagej.net/Category:Tutorials#Tutorials_for_new_users
- Neurolúcida: http://www.mbfbioscience.com/webinars
- Estereología: https://www.stereology.info
- Microscopía óptica: http://zeiss-campus.magnet.fsu.edu/
- Microscopía light sheet: https://www.youtube.com/watch?v=vKHQudCKVGc
- Huygens Profesional: https://svi.nl/tiki-index.php?page=IntroductionMovies
- LAS X Thunder: https://youtu.be/36HqrFyy0fQ
- LAS X Navigator: https://youtu.be/iqMgOmjslf8
- Análisis de Bioimagen: https://bioimagebook.github.io/README.html
Técnicas de clarificado:
- https://idisco.info/
- https://www.lavisionbiotec.com/products/UltraMicroscope/scanner-options.html
- http://clarityresourcecenter.org/
- https://transparent-human-embryo.com/
Ética en tratamiento de imagen digital:
Visualización de espectros:
» Microscopia de alta resolución automatizada y apoyo a manejo de datos de imagen de alta densidad para Unidad de Imagen EQC2019-006023-P. FEDER/Ministerio de Ciencia e Innovación – Agencia Estatal de Investigación.
» Actualización del Servicio de Imagen celular ECQ_2018_004690_P. FEDER/Ministerio de Ciencia e Innovación Agencia Estatal de Investigación, cofinanciado con el proyecto Severo Ochoa SEV-2017-0732.
» Actualización de Servicio de Imagen Celular CSIC15-EE-3246 FEDER/Ministerio de Economía, Industria y Competitividad, cofinanciado por el proyecto Severo Ochoa SEV-2013-0317.
Técnico Especializado OPIS CSIC:
Aida Giner de Gracia
aginer@umh.es
+34 965 91 92 66
Tec. Superior Especializado OPIS CSIC:
Adrián Cárdenas Castelló
acardenas@umh.es
+34 965 91 92 66
Consultas, comunicaciones, petición de citas y solicitud de formación de equipos preferentemente por correo electrónico a: microscopia@umh.es
Servicio de Microscopía
Instituto de Neurociencias
Universidad Miguel Hernández – CSIC
Campus de San Juan
Sant Joan d’Alacant
Alicante | España
Tel. + 34 965 23 37 00
(ext. service 9266)
Fax + 34 965 91 95 61