Servicio de Microscopía

• Formación y asistencia técnica para la realización de experimentos de microscopía con todas las técnicas disponibles en el servicio.
• Asesoramiento en el diseño experimental.
• Formación y asistencia en el análisis y procesamiento de imagen con programas del Servicio y software libre.
• Elaboración de manuales y asistencia en la redacción de materiales y métodos para publicaciones.
• Asesoramiento en la adquisición de equipamiento.
• Mantenimiento de los equipos.
• Organización de workshops y demostraciones relacionados con adquisición, procesamiento y análisis de imagen, así como de nuevas tecnologías.
• Participación en actividades de divulgación.

Solicitud de Formación

Solicitud de servicio tecnico leica

Fichero de Equipos y normas de uso del Servicio de Microscopía >> Ir al apartado «Archivos» del menú lateral izquierdo.

Microscopios multifotón (Lab 020)

Microscopios confocales (Lab 019 y 021)

Microscopios light sheet

Microscopios widefield

Lupa de fluorescencia Leica MZFLIII

Lupa de fluorescencia Leica MZFLIII (Lab 021)

Estaciones de trabajo

Estación de procesamiento de alto rendimiento HIVE
Se trata de una estación de trabajo centralizada de gama alta para el procesamiento de imágenes y la computación de alto rendimiento/GPU, óptima para aplicaciones exigentes y configuraciones multiusuario. Contiene los programas Vision 4D (Arivis), Huygens Professional, FIJI, QuPath, Zen Blue (Zeiss) y Las X (Leica).

Workstation Superresolución
Zen: https://www.zeiss.com/microscopy/int/products/microscope-software/zen.html
Incluye: ZEN Black, ZEN Blue, Huygens Professional, Leica LAS X Core Widefield, Imaris Viewer y ImageJ/Fiji.

Workstation Lightsheet Incluye: ZEN Black, ZEN Blue 3.3 Lite, Leica LAS X Core Widefield, Imaris Viewer , ImageJ/Fiji y Huygens Professional.

Estación Imaris I
Incluye: Imaris, AutoQuant X3, Huygens Professional, ImageJ/Fiji, Olympus FV10-ASW Viewer, Leica LAS X Core, ZEN Blue 3.3 Lite de Zeiss y Terrastitcher ImspectorPro de LaVisionBiotec.

Estación Imaris II
Incluye: Imaris, Imaris Stitcher, Arivis Vision 4D, ImageJ/Fiji 64 bit, Olympus FV10-ASW Viewer, Leica LAS X Core, ZEN Blue 3.3 Lite de Zeiss, ClearMap y Huygens Core HRM.

Workstation
ImageJ/Fiji, Neurolúcida Explorer, Olympus FV10ASW Viewer, ZEN Blue 3.3 Lite y Leica LAS X Core.

Servidor NAS

Servidor NAS

Fichero de Equipos y Normas de uso del Servicio de Microscopía y Directrices COVID-19 >> Ir al apartado «Archivos» del menú lateral izquierdo.

1. Las solicitudes de formación se realizarán a través del formulario localizado en el apartado “Servicios” de nuestra web (https://in.umh-csic.es/es/el-instituto/servicios/servicio-de-microscopia/), una vez que el nuevo usuario:

a) Disponga de sus propias muestras preparadas y de suficiente conocimiento específico sobre ellas.
b) Sepa qué preguntas específicas quiere resolver con el equipamiento del Servicio.
c) Vaya a utilizar los equipos de forma inminente.
d) Estudiantes con formación inferior a Grado podrán utilizar los equipos sólo bajo la supervisión de un compañero experimentado.
e) Los estudiantes de máster podrán acceder a las formaciones una vez hayan recibido formación reglada en el programa de máster. Si fuera necesario antes, el investigador responsable tendrá que dirigir una petición justificada al responsable científico del SI.

2. Las comunicaciones, consultas y petición de citas se realizarán preferentemente por correo electrónico a: microscopia@umh.es.

3. El investigador principal es el responsable único del uso que el personal a su cargo haga de los equipos del Servicio de Imagen, así como del cumplimiento de las normas establecidas a tal efecto.

4. El usuario debe conocer las instrucciones básicas de manejo de cada equipo que utilice, así como las normas aplicables en cada caso.

5. Es imprescindible que los nuevos usuarios reciban una formación con el personal del servicio antes de usar cualquier equipo. Además, durante las primeras sesiones deberán estar acompañados por el personal del servicio o usuarios experimentados, con el objeto de prevenir daños en los equipos.

6. El titular de la reserva es el responsable del estado del equipo durante ese periodo.

7. El último usuario reservado en el día es el responsable de que el microscopio y todos sus componentes queden apagados.

8. El área de trabajo debe permanecer siempre limpia, especialmente al finalizar la sesión.

9. Si no está seguro de realizar alguna tarea, sin importar lo sencilla que pueda parecer, solicite ayuda al personal del servicio.

10. Está estrictamente prohibido navegar por internet, realizar cambios de software y el uso de dispositivos de memoria externos en todos los ordenadores del servicio.

11. Está prohibido almacenar datos en los ordenadores del servicio. Los usuarios serán los responsables de transferir sus imágenes una vez adquiridas o procesadas, así como la eliminación de las mismas de su carpeta de usuario. Los archivos que permanezcan más de una semana en el disco duro podrán ser eliminados por el personal del servicio para el correcto funcionamiento del equipo.

12. Los usuarios del Servicio de Microscopía deben solicitar su inclusión en la lista de distribución in.microscopia@listas.umh.es a través de la web https://listas.umh.es/sympa/info/in.microscopia. Desde esta lista se realizan las comunicaciones referentes al Servicio de Imagen.

13. Las reservas de los equipos se realizarán a través del sistema de reserva de salas de la página web del instituto

14. Los usuarios que sin una razón debidamente justificada no utilicen el turno que han reservado vía telemática tendrán prohibido el uso de cualquier equipo del servicio durante las siguientes dos semanas. Si hubiera reincidencia por parte del usuario, se irán sumando dos semanas más a la sanción inicial.

15.En caso de cancelar un turno una vez comenzado el horario de la reserva, debe comunicarse por e-mail al resto de usuarios (in.microscopia@listas.umh.es), por si otro compañero lo puede aprovechar. Las cancelaciones injustificadas el mismo día de reserva serán penalizadas con una semana sin acceso a los equipos del servicio. En caso de reincidencia, se sumará una semana más a la sanción inicial.

16. Si algún usuario se saltara las sanciones impuestas, se le prohibirá el uso del servicio durante tres meses.

17. En el caso de usuarios reincidentes, se informará de la causa de la penalización por email al Investigador Principal del grupo de investigación al que pertenece el usuario.

El Servicio de Microscopía es gratuito para los miembros del Instituto de Neurociencias. Si no perteneces a nuestro centro pero te gustaría colaborar con alguno de nuestros equipos de investigación para usar nuestra tecnología y conocimiento en alguno de tus proyectos, por favor contacta con nosotras a través del correo microscopia@umh.es

Consultar OFERTA TECNOLÓGICA

Para consultar nuestras tarifas para usuarios externos, por favor acceda a los siguientes enlaces del Servicio de Apoyo Técnico a la Docencia y a la Investigación (Satdi) de la UMH:

«Microscopía fluorescente y Confocal»:
https://satdi.umh.es/instrumentacioncientifica/servicios_ofertados/microscopia-confocal/

Cómo utilizar el servicio Satdi:
https://satdi.umh.es/instrumentacioncientifica/

Cómo hacer una solicitud de uso de servicio:
https://satdi.umh.es/instrumentacioncientifica/formularios/formulario-peticion/

El servicio de Microscopía está situado en la zona sur de la planta baja del IN. Consta de las siguientes salas:

Sala 018

• Despacho 1: Giovanna Expósito
• Despacho 2
• Estación Imaris I
• Estación Imaris II
• Estación de trabajo

Sala 019

• Microscopio invertido Leica Thunder Imager
• Escáner de portaobjetos Zeiss AxioScan Z1

Sala 020

• Microscopio multifotón Leica SP5 vertical
• Microscopio multifotón Leica SP2 invertido
• Microscopio lightsheet UltramicroscopeII LaVisionBiotec

Sala 021

• Microscopio confocal vertical Leica SPEII
• Microscopio confocal invertido Olympus FV1200
• Microscopio Confocal Súper-resolución invertido Zeiss LSM 880-Airyscan Elyra PS.1
• Workstation Súper-resolución
• Microscopio LightsheetZ.1 Zeiss
• Workstation Lightsheet in vivo
• Sistema Neurolucida
• Lupa de fluorescencia Leica MZFLIII
• Microscopio vertical Leica DM5000B
• Microscopio confocal spinning disk Dragonfly

Software con licencia en el servicio:

• Imaris (Bitplane): software para visualización, procesamiento, análisis y exportación de imágenes multicanal en 2D, 3D y 4D. http://www.bitplane.com/
• Arivis Vision4D: software para visualización, procesamiento, análisis y exportación de imágenes multicanal en 2D, 3D y 4D.https://www.arivis.com/en/imaging-science/arivis-vision4d
• Neurolucida: http://www.mbfbioscience.com/neurolucida
• Strereo Investigator: https://www.mbfbioscience.com/stereo-investigator
• Huygens Profesional: https://svi.nl/Huygens-Software
• AutoQuant X3: software de deconvolución.http://www.mediacy.com/autoquantx
• ImageJ: programa gratuito para el procesamiento y análisis de imágenes multidimensionales.https://imagej.nih.gov/ij/
• Fiji: es el mismo software que ImageJ, pero incluye un paquete de procesamiento muy completo para el análisis de imagen científica.https://imagej.net/Fiji
• ClearMap: software libre creado para el análisis de imagen de muestras de iDISCO+. Permite la detección de objetos en 3D y localización en núcleos cerebrales.https://idisco.info/clearmap-2/

Softwares libres para visualización y análisis de imagen:

• ImageJ: https://imagej.nih.gov/ij/download.htmlhttps://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.8.0/index.html
• Fiji: http://fiji.sc/#download
• Zeiss: https://www.zeiss.com/microscopy/int/products/microscope-software/zen-lite.html
• Leica: https://www.leica-microsystems.com/products/microscope-software/p/leica-las-x-ls/downloads/

Tutoriales:

• Imaris: http://www.bitplane.com/learning
• Arivis Vision4D: https://imaging.arivis.com/en/imaging-science/arivis-vision4d-video-tutorials
• ImageJ/Fiji: http://imagej.net/Category:Tutorials#Tutorials_for_new_users
• Neurolúcida: http://www.mbfbioscience.com/webinars
• Estereología: https://www.stereology.info
• Microscopía óptica: http://zeiss-campus.magnet.fsu.edu/
• Microscopía light sheet: https://www.youtube.com/watch?v=vKHQudCKVGc
• Huygens Profesional: https://svi.nl/tiki-index.php?page=IntroductionMovies
• LAS X Thunder: https://youtu.be/36HqrFyy0fQ
• LAS X Navigator: https://youtu.be/iqMgOmjslf8
• Análisis de Bioimagen: https://bioimagebook.github.io/README.html

Técnicas de clarificado:

• https://idisco.info/
• https://www.lavisionbiotec.com/products/UltraMicroscope/scanner-options.html
• http://clarityresourcecenter.org/
• https://transparent-human-embryo.com/

Ética en tratamiento de imagen digital:

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Cromey+digital+imaging+ethics

Visualización de espectros:

• https://www.fpbase.org/spectra/

» Microscopia de alta resolución automatizada y apoyo a manejo de datos de imagen de alta densidad para Unidad de Imagen EQC2019-006023-P. FEDER/Ministerio de Ciencia e Innovación – Agencia Estatal de Investigación.

» Actualización del Servicio de Imagen celular ECQ_2018_004690_P. FEDER/Ministerio de Ciencia e Innovación Agencia Estatal de Investigación, cofinanciado con el proyecto Severo Ochoa SEV-2017-0732.

» Actualización de Servicio de Imagen Celular CSIC15-EE-3246 FEDER/Ministerio de Economía, Industria y Competitividad, cofinanciado por el proyecto Severo Ochoa SEV-2013-0317.

Consultas, comunicaciones, petición de citas y solicitud de formación de equipos preferentemente por correo electrónico a: microscopia@umh.es

Servicio de Microscopía
Instituto de Neurociencias
Universidad Miguel Hernández – CSIC
Campus de San Juan
Sant Joan d’Alacant
Alicante | España

Tel. + 34 965 23 37 00
(ext. service 9256 / 9266)
Fax + 34 965 91 95 61

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