¿Qué hacemos?

En la actualidad las Neurociencias representan el área más excitante de investigación biomédica. Durante las últimas dos decadas, el campo de las Neurociencias ha realizado descubrimientos asombrosos que han transformado nuestro entendimiento de la función cerebral y han ayudado a descubrir nuevos tratamientos para diversos trastornos neurológicos. La convergencia de múltiples disciplinas biológicas ha permitido abordar cuestiones biológicas fundamentales que parecían inabordables pocos años atrás, tales como las bases moleculares de la memoria y avanzar en el tratamiento de enfermedades del sistema nervioso que creíamos incurables.

Si quieres saber más acerca del sistema nervioso puedes encontrar muy buenos artículos divulgativos en la red: “Brain facts” at the Society for Neuroscience website, “Viaje al Universo Neuronal” editado por la FECYT (incluye un artículo de nuestro grupo).

También puedes consultar nuestro artículo divulgativo en Mente y Cerebro discutiendo el tipo de preguntas que intentamos resolver en el laboratorio:
“La material de los recuerdos: circuitos neuronales y cascadas moleculares”. Mente y Cerebro, 40 (Enero 2010): 24-33.

Nuestra investigación:

Estamos interesados en los mecanismos moleculares que permiten el aprendizaje y la formación de nuevos recuerdos. En particular, investigamos el paper de mecanismos transcripcionales y epigenéticos en plasticidad neuronal en el cerebro sano y como el mal funcionamiento de estos mecanismos puede contribuir a patologías del sistema nervioso. Para estudiar estos procesos utilizamos una aproximación experimental multidisciplinar que combina genética de ratón con estudios moleculares, genómicos, fisiológicos y de conducta.

Concretamente, nuestra investigación se centra en dos áreas:
1. Papel de la transcripción dependiente de actividad sináptica en plasticidad neural.

Los modelos celulares actuales para explicar cómo se forman las memorias proponen que los recuerdos están codificados en forma de cambios en la fuerza de conexiones sinápticas específicas. Estos cambios requieren a su vez de cambios en expresión génica en el núcleo de las neuronas. Diversos factores de transcripción han sido implicados en este proceso. En nuestro laboratorio investigamos el papel de CREB y de otros factores de transcripción regulados por actividad en el cerebro adulto.

2. Plasticidad neuronal y remodelado de la cromatina.

La acetilación y la metilación de los nucleosomas son mecanismo de marcaje epigenético de la cromatina que pueden contribuir a controlar la actividad de loci importantes en plasticidad neuronal y en cambios persistentes del comportamiento. En el laboratorio, estamos interesados en explorar la contribución del remodelado de cromatina en los procesos de aprendizaje y memoria, asi como en otras modificaciones o adaptaciones duraderas del comportamiento en animales sanos. También trabajamos con distintos modelos murinos de enfermedades neurológicas, tales como la corea de Huntington y diversos síndromes genéticos asociados a discapacidad intelectual, en los que estos mecanismos epigenéticos parecen estar alterados.

Nuestro equipo y red de colaboradores:

Nuestro grupo fue originalmente creado gracias al apoyo del Programa de Proyectos de Excelencia Marie Curie.

Formamos parte del Instituto de Neurociencias (UMH-CSIC) un centro de Excelencia “Severo Ochoa”.

Hemos sido reconocidos con una Ayuda a la Investigación del Programa Prometeo para grupos de Excelencia financiado por la Generalitat Valenciana: Grupo NEUROCROM.

Formamos parte de SynCogDys, una red formada por 10 grupos de investigación de Universidades e Institutos españoles con un interés común en entender las bases moleculares de los desordenes cognitivos: Red SYNCOGDIS.

Somos los coordinadores de un proyecto colaborativo internacional ERA-NET NEURON en el que participan colegas de España, Italia e Israel con el objetivo común de investigar la etiología y posibles terapias del síndrome de Rubinstein-Taybi: Grupo CHROMISYN.

Formamos parte de un consorcio internacional financiado por la HFSPO en el que participan investigadores de Estados Unidos (Jackson lab.) y Polonia (Nencki Institute) para investigar la organización 3D de la cromatina neuronal.

Nuestros métodos:

Utilizamos estas metodologías

(in English)

During the last decade, the work of many research groups have provided compelling insight into the molecular and cellular mechanisms responsible for the induction and stability of synaptic changes and the acquisition and storage of new memories in the mammalian brain. This achievement has been possible thanks to the convergence of very different disciplines and methodologies. Our team uses an interdisciplinary approach to investigate the role of transcriptional and epigenetic mechanisms in neuronal plasticity and memory formation. We combine bottom-up (based on the generation of genetically modified mice and their parallel analysis at the biochemical, molecular, electrophysiological and behavioral levels) and top-down approaches (based on the application of global techniques for the analysis of gene expression and chromatin remodelling in the brain of behaving animals) to investigate this challenging question.

Specifically, we are using the following methodologies:

• Mouse genetics: We are currently working with diverse strains of genetically modified mice, including inducible transgenic lines and conditional knockouts.

• Molecular and cell biology techniques: We use conventional techniques to analyze gene expression, such as western-blot, immunohistochemistry, in situ hybridization, quantitative RT-PCR, etc.

• Genomics: We are interested in investigating genome-wide changes in gene expression and transcriptional regulation in vivo. To this end, we are applying recent methodological advances in the field, including a number of next-generation sequencing (NGS)-based techniques.

• Electrophysiological studies: Our analysis of acute hippocampal slices includes measures of neuronal excitability, intrinsic membrane properties and synaptic transmission and plasticity.

• Behavioral studies: We have established a battery of behavioral tasks to evaluate basic mouse behavior and, more precisely, to assess explicit forms of memory. This battery includes fear conditioning, spatial learning at the Morris water maze, object recognition, etc…

Financiación actual:
Nuestra investigación se financia gracias al apoyo de distintas organizaciones, públicas y privadas, nacionales e internacionales. En la actualidad recibimos fondos del MINECO, la Generalitat Valenciana, la Fundación Alicia Koplowitz, y la fundación americana Brain & Behavior Research Foundation.

Financiación previa por parte de las siguientes instituciones y programas:

Angel Barco

Angel Barco estudió Biología en la Universidad de Extremadura y en la Universidad Autónoma de Madrid (UAM). Realizó su tesina y su tesis doctoral en el Centro de Biología Molecular “Severo Ochoa (UAM-CSIC, Madrid) en el laboratorio del Dr. Carrasco, trabajando en los mecanismos de citotoxicidad celular y regulación de la expresión génica por el virus de la polio. Debido a su interés en Neurociencias, especialmente en las bases moleculares de los procesos cognitivos y del comportamiento animal, se unió en el año 1998 al grupo del Dr. Kandel, Premio Nobel de Medicina en el año 2000, en la Universidad de Columbia (Nueva York). En este periodo trabajó en las bases moleculares de la memoria y el aprendizaje, y más concretamente en el papel de CREB (cAMP-responsive element binding protein) en plasticidad sináptica y memoria. En Septiembre del 2004, se trasladó al Instituto de Neurociencias (UMH-CSIC) en Alicante donde se estableció como investigador independiente gracias a la financiación proporcionada por el Programa de Proyectos de Excelencia Marie Curie del Sexto Programa Marco de la Comisión Europea. En la actualidad es Profesor de Investigación del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).

Sergio Niñerola

Sergio Niñerola se graduó en Biologia en la Universidad de Alicante y obtuvo un Master en Biomedicina en la Universidad de Barcelona y en Bioinformática por la Universidad de Murcia. Apredió sobre neuroreceptores en el laboratorio de Felix Viana (Instituto de Neurociencias), y realizó sus projectos de fin de Master en bioquimica mitocondrial en el laboratorio del Dr. Francesc Cardellach (Institut d’Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer) y en el estado de la cromatina en celular embrionales en el grupo del Dr. Ludovic Vallier. Trabajó en epigenética en cácer de pulmón en el laboratorio de la Dra. Montserrat Sanchez (Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge). Ahora se ha unido a nuestro grupo como estudiante predoctoral con un contrato predoctoral MCIU.

Beatriz del Blanco

Beatriz del Blanco estudió Bioquímica en la Universidad de Granada. En 2007, finalizó sus estudios de Máster y posteriormente llevó a cabo su tesis doctoral dirigida por la Dra. Cristina Hernández Munain en el Instituto de Parasitología y Biomedicina “López Neyra” (CSIC) en Granada. Sus investigaciones hasta ahora se han enfocado en el estudio de los mecanismos transcripcionales y epigenéticos involucrados en la regulación de la expresión de genes durante el desarrollo de los linfocitos T. Actualmente, ella trabaja como postdoctoral en nuestro laboratorio estudiando los mecanismos epigenéticos que regulan la plasticidad neuronal.

Marta Alaiz Noya

Marta Alaiz Noya estudió Biomedicina en la Universidad de Sevilla. En 2017 se trasladó al Instituto de Neurociencias para realizar el “Máster en Neurociencias: de la investigación a la clínica” y se unió a nuestro laboratorio para llevar a cabo inicialmente su proyecto fin de Máste y actualmente su proyecto de tesis.

Román Olivares

Román Olivares consiguió su título de técnico en Madrid y trabajó durante varios años en el laboratorio del Dr. Garcia (Departamento de Farmacología de la Universidad Autónoma de Madrid) investigando el proceso de secreción por células cromafines. Desde el nacimiento del grupo de investigación en 2004, Román es el responsable de nuestra colonia de ratones knockouts y transgénicos y de la organización general del laboratorio.

Juan Paraíso Luna

Juan Paraiso Luna estudió Química en la Universidad Complutense de Madrid (UCM). Tras pasar varios meses en el Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO) como becario de investigación, realizó un máster en el Instituto de Salud Carlos III trabajando en la diferenciación neuronal de células madre embrionarias (ESC). En 2019, terminó su Ph.D. Tesis en el Departamento de Bioquímica y Biología Molecular (UCM) centrada en la regulación de la neurogénesis, explorando el papel del sistema de endocannabinoides en la diferenciación cortical de las ESC y la reprogramación celular, bajo la supervisión del Dr. Ismael Galve-Roperh y el Dr. Manuel Guzmán. También colaboró con la Dra. Silvia Cappello en el Instituto Max Planck de Psiquiatría (Munich), aprendiendo sobre la generación de organoides cerebrales a partir de iPSC humanas.

Miguel Fuentes Ramos

Miguel Fuentes Ramos estudió Psicología en la Univesidad Miguel Hernández de Elche (UMH) y Biología en la Universidad de Alicante (UA). Obtuvo el Máster Universitario en Neurociencias Básicas y Aplicadas de la Universidad de Valencia (UV). Se unió a nuestro laboratorio obteniendo la beca de Introducción a la investigación JAEintro (CSIC).

Carina Racovac

Carina Rocovac se tituló como Técnico de diagnóstico clínico en el I.E.S. Virgen del Remedio en Alicante. Carina se unió a nuestro grupo en Febrero de 2020 como técnico de laboratorio.

ALUMNI, visitors and former members
  • Samanta Ortuño graduada en Biotecnología en la Universidad Miguel Hernández de Elche (UMH), con los Másteres en Biotecnología y Bioingeniería (UMH) y en Bioinformática (Universidad de Murcia). Realizó el trabajo de fin de Grado y Máster en biología molecular en el laboratorio del Dr. Antonio Vera (UMH). Continuó su experiencia trabajando en Metabarcoding y Bioinformática en la empresa Taxon Estudios Ambientales S.L. y en el laboratorio del Dr. José Antonio García Charton (Universidad de Murcia).
  • Ana Martín estudió Biología en la Universidad de Málaga. Gracias al apoyo de una beca internacional de doctorado Marie Curie fellowship, Ana está desarrollando su proyecto de doctorado en el marco de una colaboracion entre el grupo del Prof. Wilczynski en el Nencki Institute of Experimental Biology (Varsovia) y nuestro laboratorio.
  • Mayte López Cascales es licenciada en Bioquímica por la Universidad de Murcia, con un Máster de Neurociencias por la Universidad Pablo de Olavide de Sevilla, y Máster de Bioinformática en la Universidad de Murcia. En 2014 recibió el premio al mejor trabajo fin de master de bioinformatica por la universidad de Murcia. Actualmente está realizando su tesis doctoral en el grupo de la Dra. Herrera y trabaja en varios proyectos colaborativos entre los dos laboratorios.
  • Jordi Fernández studied Biology at the Universitat de Girona (UdG) and got his Interuniversity Master degree in Neuroscience coordinated by the Universitat de Barcelona (UB). He was first trained in neurosciences and in molecular and cell biology techniques in the laboratories of Dr. Gemma Huguet (School of Science, UdG), Dr. Carles Sindreu (School of Medicine, UB) in which he conducted his master thesis, and Dr. Manuel Irimia (Centre de Regulació Genòmica, CRG). He joined our group in February 2015 thanks to a fellowship awarded by the Severo Ochoa program (MINECO). He defended his Ph.D. thesis in October 2019 and obtained the maximal qualification. Thesis: Immediate and deferred epigenomic signatures of in vivo neuronal activation in mouse hippocampus. Publications with us: Fernandez-Albert et al., Nat Neurosci 22, 1718-30; Lipinski et al., Nat Comm 11(1):2588. Other positions: Lab. Dr. Mark Schnitzer. University of Stanford, San Francisco, San Francisco, USA.
  • Michal Lipinski estudió Biotecnología en la Universidad de Varsovia de Ciencias de la Vida (Polonia) y ha realizado estancias en laboratorios del Instituto Nencki de Biología Experimental (Varsovia) y del Departamento de Anatomía de la Universidad de Zurich. En Junio del 2012 se incorporó a nuestro grupo para realizar su tesis doctoral gracias a una beca financiada por el programa de Becas Santiago Grisolia de la Generalitat Valenciana. He defended his Ph.D. thesis in December 2019 and obtained the maximal qualification. Thesis: Role of CBP and p300 in the establishment and maintenance of transcriptional programs in adult excitatory neurons. Publications with us: Ito et al., Nat Comm 5:4450; Galvao-Ferreira et al., eNeuro 4(2); Scandaglia et al. Cell Reports 21(1):47-59; del Blanco et al., Cell Death Differ 26(11):2208-2222; Lipinski et al., Curr Opin Neurobiol 59:1-8;Fernandez-Albert et al., Nat Neurosci 22, 1718-30; Lipinski et al., Nat Comm 11(1):2588. Other positions: Lab. Dr. Paola Arlotta & Aviv Regev. Harvard Department of Stem Cell and Regenerative Biology, Cambridge & BROAD Institute. MA, USA.
  • Marilyn Scandaglia studied Molecular Biotechnology at the Università Alma Mater Studiorum di Bologna in Italy. In 2011, as a pregraduate student, she moved to the Instituto de Neurociencias de Alicante and joined our lab to carry out her Master and PhD theses. She defended her Ph.D. thesis in January 2018 and obtained the maximal qualification. She also received the special distinction (Premio Extraordinario). Thesis: Role of lysine demethylase 5C in neurodevelopment and intellectual disability. Publications with us: Fiorenza et al., Cereb Cortex 26(4):1619-33; Scandaglia et al., Sci Reports5:17470; Iwase et al., J Neurosci 37(45):10773-10782; Scandaglia et al. Cell Reports 21(1):47-59; del Blanco et al., Cell Death Differ 26(11):2208-2222; Scandaglia and Barco. J Med Gen 56(8):491-498. Other positions: Lab. Dr. Berta Lopez Sanchez-Laorden. Instituto de Neurociencias (UMH-CSIC), Alicante, Spain.
  • Anna Fiorenza studied Biology at the Università degli studi del Sannio in Italy. In 2008, she moved to the Instituto de Neurociencias de Alicante, as part of the “Erasmus Placement” subprogram in the U.E. Lifelong Learning Programme, where she worked in the lab of Dr. Lerma in the physiology of kainate receptors. In 2010, she was awarded a fellowship from the INA-Consolider Program and decided to join our group to carry out her thesis. She defended her Ph.D. thesis in September 2015 and obtained the maximal qualification. Thesis: Regulation of neuronal plasticity and responsiveness by the microRNA system. Publications with us: Fiorenza et al., Cereb Cortex 26(4):1619-33; Scandaglia et al., Sci Reports5:17470; Fiorenza & Barco, Neurobiol Learn Mem May 135:3-12. Other positions: Lab. Dr. Dorit Ron. University of California, San Francisco, San Francisco, USA; Institute for Neurodegenerative Diseases, University of California, San Francisco, San Francisco, USA.
  • Deisy Guiretti studied Biology at the National University of Misiones, Argentina. She later investigated in the field of viral variability and phylogenia at the National Institute of Cancer in Rio de Janeiro and in the University of Edinburgh. She joined our lab in 2009 to carry out her thesis working on the etiology of Huntington’s disease. She defended her Ph.D. thesis in September 2015 and obtained the maximal qualification. Thesis: Lysine deacetylation and transcriptional dysregulation in neurological disorders: Huntington’s disease and the Rubinstein-Taiby syndrome. Publications with us: Valor et al., J Neurosci 33(25):10471-82; Guiretti D and Valor LM, Neuropharmacology 80:103-114; Guiretti et al., Neurobiol Dis 89:190-201; Hervas-Corpion et al., Sci Rep 8(1):9925; del Blanco et al., Cell Death Differ 26(11):2208-2222.
  • Jose Viosca got his Master degree in Biochemistry in the Universidad de Valencia. He worked with us from October 2005 to May 2010 investigating the role of CREB and neuronal chromatin acetylation in learning and memory. He defended his Ph.D. thesis in May 2012 and obtained the maximal qualification. He also received the special distinction (Premio Extraordinario). He later moved to the laboratory of Cornelius Gross in EMBL-Monterotondo (Italy) for his first postdoctoral stay. Thesis: Common molecules in memory formation and congenital intellectual disability: a role for the Ras-ERK-CREB pathway in cognition. Publications with us: Viosca et al., J Neurosci 27(47): 12761; Viosca et al. Learn Mem16(3): 193; Viosca et al. Learn Mem 16(3): 198; Viosca et al. Genes Brain Behav 8(1):60; Viosca et al. Neurobiol Dis 37(1):186; Lopez-Atalaya et al. EMBO J 30(20):4287; Valor et al. Curr Pharm Des 19(28):5051-64. Other positions: Lab. Dr. Cornelius Gross. EMBL Monterotondo. Monterotondo, Italy.
  • Eva Benito-Garagorri studied Biochemistry at the University of the Basque Country. She carried out her PhD in our laboratory working on the transcriptional response to neuronal activity and defended her Ph.D. thesis in June 2011, obtaining the maximal qualification. She is currently a postdoc at the laboratory of Andre Fischer in ENI-Gottingen (Germany). Thesis: A comparative transcriptomics approach for unveiling gene expression networks of activity-driven neuronal stimulation and plasticity. Publications with us: Viosca et al., J Neurosci 27(47): 12761; Viosca et al., Learn Mem 16(3): 198; Benito and Barco, Trends Neurosci 33(5): 230; Benito et al., J Neurosci 31(50): 18237; Gruart et al., J Neurosci 32(48): 17431; Lopez-Atalaya et al., Nucleic Acids Res. 41(17):8072-84; Yildirim F et al. Plos ONE 9(4); Benito and Barco. Mol Neurobiol. 289(47):32914-25; Scandaglia et al., Sci Reports 5:17470; Scandaglia et al. Cell Reports 21(1):47-59. Other positions: Lab. Dr. Andrè Fischer. DZNE, Gottingen, Germany. Scientific Coordinator for SourceData at EMBO, Heidelberg, Germany.
  • Dragana Jancic studied Medicine and got her MD in the University of Belgrade (Serbia). She became a member of the Marie Curie Excellence Team in November 2004 and worked with us until July 2008. She defended her Ph.D. thesis in December 2008 and obtained the maximal qualification. She is currently a resident in the Psychiatry and Psychotherapy Department at the University Hospitals of Geneva (Switzerland). Thesis: Role of CREB-dependent transcription in the control of hippocampal neurons survival and plasticity.
    Publications with us: Barco et al. chapter in “Regulation of transcription by neuronal activity: To the nucleus and back” (Springer Sci Pub); Viosca et al. J Neurosci27(47): 12761; Lopez de Armentia et al. J Neurosci27(50): 13909; Viosca et al. Learn Mem 16(3): 193; Jancic et al. Cereb Cortex 19(11): 2535; Sanchis-Segura et al. Front Behav Neurosci3:30; Valor et al. Cell Death Differ 17(19): 1636. Other positions: Resident in Psychiatry and Psychotherapy, University Hospitals of Geneva. Geneva, Switzerland.

Other former lab members

  • Juan Medrano: Graduate student. He carried out his postgraduate studies from January 2017 to July 2020.
  • Dr. Rafael Muñoz Viana: Posdoctoral fellow. He was part of the Team from June 2017 to December 2019.
  • Marian Llinares: Technician. She was part of the Team from January 2018 to December 2019.
  • Emanuele Zaccaria: Graduate student. He was part of the Team from June 2018 to June 2019.
  • Alejandro Medrano: Graduate student. He carried out his Master thesis with us in 2015 and his postgraduate studies from January 2016 to July 2018.
  • Nuria Cascales Pico: Technician. She was part of the Team from Julio 2016 to November 2017.
  • Dr. Jose P. López-Atalaya: Senior postdoctoral fellow and Senior Researcher. He was part of the Team from 2006 to September 2015. He is now Principal Investigator at our Institute leading the “Cellular Plasticity and Neuropathology” group.
  • Dr. Romana Tomasoni: Posdoctoral fellow and Visiting Researcher. She joined our lab from 2015 to 2016.
  • Dr. Luis M. Valor: Posdoctoral fellow, Senior Researcher and finally co-PI. He was part of the Team from August 2007 to November 2015. He is now Principal Investigator at Hospital Universitario Puerta del Mar in Cadiz, Spain.
  • Manuel Alcaraz Iborra: Graduate student. He was part of the Team from June 2012 to January 2014. He then went to the Psychology Department at University of Almeria (Spain) to conduct there his Ph.D. thesis.
  • Victor Rovira: After finishing his thesis in the team of Emilio Geijo-Barrientes, he joined the Team from June to December 2013 before moving to , USA for a postdoc in the laboratory of Manuel Castro-Alamancos at Drexel University, Philadelphia, USA.
  • Dr. Sven Parkel: Postdoctoral fellow. He was part of the Team from January 2012 to June 2013.
  • Dr. Satomi Ito: Postdoctoral fellow. She was part of the Team from April 2009 to March 2013. She later worked at the Institute for Integrated Cell-material Sciences (iCeMS) in Kyoto University and the Okinawa Institute of Science anf Technology (OIST, Ichiro Maruyama’s lab), both in Japan.
  • Pierrick Jego:Graduate student. He was part of the Team from October 2010 to September 2011.
  • Francisca Almagro: Technician. She was part of the Team from November 2010 to July 2011.
  • María Jiménez-Minchan: Technician. She was part of the Team from August 2008 to June 2011.
  • Matías M Pulopulos: Graduate student. He was part of the Team from October 2009 to August 2010.
  • Dr. Mikel Lopez de Armentia: Senior Researcher. He was part of the Team from November 2004 to August 2009.
  • Miguel A. Andrés: Graduate student. He was part of the Team from July 2007 to December 2008.
  • Marusa Arencibia: Secretary. She was our administrative officer from 2005 to 2008.
  • Valentina Moscato: Graduate student. She worked as a member of the MC Excellence Team form September 2007 to April 2008.
  • Petra Gromova: Graduate student. She was in the lab from November 2004 to July 2007.
  • Ana Calvo: Graduate student. She was part of the Team from October 2005 to March 2006.

Visitors

  • María Consuelo López Gómez (undergraduate student, Master en Neurociencias UMH). Octubre 2019 – Enero 2021
  • Pablo Castellano (undergraduate student, Master en Neurociencias UPO). May-October 2019
  • Miguel Fuentes Ramos (undergraduate student, Universidad de Alicante, Alicante). Octubre 2017 – Septiembre 2018
  • Marta Alaiz Noya (undergraduate student, Master en Neurociencias UMH). Octubre 2017 – Septiembre 2018
  • Paula Mut (undergraduate student, Master en Neurociencias UMH). Octubre 2016 – Septiembre 2017
  • Juan Marín (undergraduate student, Master en en Bioinformática y Biología Computacional de la Escuela Nacional de salud- ISCIII). May-October 2019
  • Juan Medrano (undergraduate student, Universidad Jaume I, Castellón). July-September 2015
    Agnieszka Czechwska (undergraduate student, Warsaw University, Warsaw, Poland). July-August 2015
  • Silvia Colmenero (undergraduate student, Universidad de Alicante, Alicante). may-September 2015
  • Alejandro Medrano (undergraduate student, Universidad de Alicante, Alicante). June-October 2014
  • Juan Manuel Agulló (undergraduate student, Universidad Autónoma de Barcelona, Barcelona). July-August 2014
  • Adriana Magalska (postdoctoral fellow, Dr. Wilczynski’s lab, Nencki Institute, Warsaw, Poland). September to December 2013
  • Marilyn Scandaglia (undergraduate student, University of Bologna, Bologna, Italy). April-October 2011
  • Jorge Montesinos (undergraduate student, Universidad de Valencia, Valencia). Augus-September 2010
  • Raffaela Tulino (undergraduate student, University of Sannio, Sannio, Italy). April-September 2010
  • Alessandro Ciccarelli(PhD student, Dr. Giustetto’s lab, University of Torino, Torino, Italy). July 2009 to June 2010
  • Paola Tognino (PhD student, Dr. Pizzorusso’s lab, CNR Pisa, Italy). February 2010
  • Gianmarco di Mauro (undergraduate student, University of Bologna, Bologna, Italy). May-December 2009
  • Vincent Prinz (postdoctoral fellow, Dr. Dirnagl’s lab, Charite Campus Mitte, Berlin, Germany). September 2009
  • Jan-Albert Manenschijn (rotation student, Alicante). April 2009
  • Eduardo Leiva (rotation PhD student, Alicante). February-March 2009
  • Elena Carnero (undergraduate student, Universidad de Granada, Granada). Summer 2008
  • Ferah Yildirim (PhD student, Dr. Dirnagl’s lab, Charite Campus Mitte, Berlin, Germany). July 2008
  • Oskar Ortiz (PhD student, Dr. Moratalla’s lab, Instituto Cajal, Madrid). April 2008
  • Carles Sanchis-Segura (Ramón y Cajal researcher, Universitat Jaume I, Castellon). October-November 2007
  • Pankaj Sah (University Professor, University of Queensland, St. Lucia, Australia). September-October 2007
  • Cristina Vicente (undergraduate student, Universidad Pablo de Olavide, Sevilla). Summer 2007
  • Ignasi Sahun (PhD student, Dr. Dierssens lab,CRG, Barcelona). November 2005

JOURNALS / REVISTAS CIENTÍFICAS

Neuron

Nature Neuroscience

The Journal of Neuroscience

Learning and Memory

Frontiers in Neuroscience

Brain Research Bulletin

 

INSTITUTIONS / ORGANISMOS PÚBLICOS

Instituto de Neurociencias de Alicante (UMH-CSIC)

Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)

Universidad Miguel Hernández (UMH)

Ministerio de Ciencia e Innovación (MICINN)

Generalitat Valenciana – Conselleria d’Educació

 

DATABASES

Addgene: Plasmid database

Allen Brain Atlas: Search of gene profiles in ISH data

APID (Agile Protein Interaction DataAnalizer): Integration of protein-protein interaction databases (BIND, BioGRID, DIP, HPRD, IntAct, MINT)

ArrayExpress: Depository of microarray and high-throughput sequencing data. Search of gene profiles in deposited experiments

BEARR: Batch extraction and analysis of cis regulatory elements in gene promoters

BGEM: Search of gene profiles in ISH data

Bioconductor: Tools for the analysis and comprehension of high-throughput genomic data

BioGPS: Search of gene profiles for tissue and cell types in microarray data

BioMart: Query-oriented data management system

BioVenn: Tool for generating Venn diagrams with proportional areas

BLAST: Basic Local Alignment Search Tool

CateGOrizer: Tool for categorizing and counting GO terms based on a Slim annotation

ChIP-Seq Analysis Server: Tools for the analysis of ChIP-seq data

ClustalW2: Multiple sequence alignment tool

CREB Target Gene Database

DAVID: Functional annotation and Gene Set Enrichment analysis

DAVID v6.7: Comprehensive set of functional annotation tools for investigators to understand biological meaning behind large list of genes

Directory of Bioinformatics Software and Molecular Biology: Basic tools in Molecular Biology

eGOn v2.0: Functional annotation and Gene Set Enrichment analysis

Ensembl: Genome database for vertebrates and other eukaryotic species

ExPASy Proteomics Server: Analysis of protein sequences and structures as well as 2-D PAGE

g-profiler: Functional profiling of gene lists from large-scale experiments

Gene Regulation (Databases)

Gene Regulation (Tools): Predictive tools of TFBS

GenePaint: Search of gene profiles in ISH data

Genomatix: Online software suite for genome-wide data analysis. Only some functionalities are free of charge

GENSAT: Search of gene profiles in ISH data

GEO DataSets: Depository of microarray and high-throughput sequencing data

GEO Profiles: Search of gene profiles in deposited experiments

Giles Carpentier Web: Image analysis tools in biology and biochemistry using ImageJ

GLITR: Extracting transcription factor targets from ChIP-Seq data

HUGO: Gene name Nomenclature Committee

iHOP: Information hyperlinked over proteins

JASPAR: The high-quality transcription factor binding profile database

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

MACS: Model-based Analysis for ChIP-Seq

Mammalian Phenotype Ontology browser: Ontology of mouse genes annotated to disease-related phenotypes

MGI: Mouse genome and mouse mutants Databases

microRNA.org: MicroRNA target site prediction

miRbase: MicroRNA database

miRWalk: MicroRNA target database

Mouse Brain Atlases

Mouse genome project at BCM: Mouse genome and strains

Mouse Phenome Database

NADtranscriptomics: Neuronal activity-driven gene expression Database

NEBcutter v2.0: Tool for analyzing DNA sequences and restriction sites

Nervous System Database

NetAffx™ Analysis Center: Correlation of GeneChip® array results with array design and annotation information

neuromice.org: Distribution of mouse lines

NIA Mouse Gene Index: Gene Index mouse mm9

oPOSSUM: Detection of over-represented transcription factor binding sites in the promoters of sets of genes

Pathway Interaction Database: Biomolecular interactions and cellular processes assembled into authoritative human signaling pathways

PCR links: Lot of links related to PCR

PicTar: MicroRNA target site prediction

PIR [Protein Information Resource]: Protein-protein interaction

Primer3Plus: Selection of primers for a DNA sequence

Pscan: Finding Over-represented Transcription Factor Binding Site Motifs in Sequences from Co-Regulated or Co-Expressed Genes

PSORT: Yool for predicting the subcellular localization of a protein based on its sequence

qPrimerDepot: qRT-PCR primer database

RE1db: NRSF/REST Target Gene Database

RefSeq: Comprehensive, integrated, non-redundant, well-annotated set of sequences, including genomic DNA, transcripts, and proteins

RNAhybrid: Tool for finding the least energy interaction between two RNA molecules

SABiosciences (Qiagen): Collection of singnaling pathways

SEQanswers: NGS community

SICER: A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-Seq data

SMART: Prediction of protein domains

TargetScan: MicroRNA target site prediction

The MEME Suite: Motif-base sequence analysis tool

UCSC Genome Browser: This site contains the reference sequence and working draft assemblies for a large collection of genomes

Venny: Tool for Venn diagram generation

W-ChIPeaks:A comprehensive web application for processing ChIP-chip and ChIP-seq data

WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit: Comprehensive set of functional annotation tools for investigators to understand biological meaning behind large list of genes

Webgestalt Gene Set Analysis Toolkit v2: Functional annotation and Gene Set Enrichment analysis

Xtractor: Biomedical Facts Categorized